Le projet DiagoPICT couvre une large zone de la région Auvergne-Rhône Alpes, depuis le le Puy de Dôme jusqu'au lac du Léman. Plusieurs stations de prélèvements sur différents cours d'eau, ainsi que le lac Léman ont été sélectionnés afin de représenter un gradient de contamination chimique présent à l’échelle du bassin versant (ou du lac pour le Léman).

Les sites de prélèvements sont de 3 types:

• Site amont : le site amont sert de site de référence. Il s'agit le plus souvent de l'amont du ruisseau situé en zone boisée loin des activités humaines et des pressions anthropiques marquées.
• Site agricole : les zones agricoles situées le long des cours d'eau peuvent contribuer à la pollution de l'eau par le ruissellement d'engrais, de pesticides et de sédiments dans le cours d'eau. L'utilisation d'engrais et de produits phytosanitaires peut entraîner une contamination chimique et nuire à la qualité de l'eau, affectant ainsi les écosystèmes aquatiques et la biodiversité.
• Site urbain : la croissance urbaine dans les bassins versants de certains ruisseaux peut entraîner une augmentation des surfaces imperméables, favorisant le ruissellement des eaux pluviales chargées de polluants tels que les hydrocarbures, les métaux lourds et les déchets urbains. Les rejets d'eaux usées domestiques non traitées ou insuffisamment traitées (station d'épuration sous dimensionnées ou fuites du réseau d'assainissement) peuvent également constituer une source de pollution pour le cours d'eau.

Secteur Clermont-Ferrand

• Le Litroux prend sa source à 600m d'altitude dans la vallée de l'Allier. Le ruisseau traverse une région typiquement rurale, caractérisée par des paysages de bocage et de forêts et joue un rôle important dans l'irrigation des terres agricoles et la préservation de la biodiversité locale. Il est soumis aux variations saisonnières de débit, influencées par les précipitations et les conditions climatiques locales et a subi des assèchements importants au cours des dernières décennies, principalement en raison des changements climatiques et des pressions anthropiques. Ces assèchements ont été exacerbés par des pratiques agricoles intensives et la gestion inadéquate de l'eau dans la région. Ces facteurs ont contribué à réduire le débit naturel du ruisseau, affectant sa biodiversité et sa capacité à soutenir les écosystèmes locaux. Depuis 2019, des efforts de restauration ont été initiés pour tenter de revitaliser le Litroux. Ces projets incluent des travaux visant à améliorer la gestion de l'eau, à restaurer les habitats riverains, et à sensibiliser les agriculteurs et les résidents locaux à des pratiques plus durables. Les initiatives de reboisement et de renaturation des berges sont également en cours pour améliorer la rétention d'eau et réduire l'érosion.
• La Crédogne est une petite rivière qui prend sa source dans le Massif central, dans les monts du Forez, à une altitude d'environ 1 200 mètres. Le bassin versant de la Crédogne est caractérisé par un climat montagnard, avec des précipitations abondantes en hiver et au printemps, entraînant des débits saisonniers variables. La Crédogne traverse des paysages variés, comprenant des forêts de résineux, des prairies, et des zones humides. Ces milieux sont riches en biodiversité, abritant des espèces de faune et de flore spécifiques aux milieux montagnards et aquatiques. La qualité écologique de la Crédogne est globalement bonne, bien que certaines portions puissent être dégradées en raison de pressions anthropiques.
• Le Croptes est un petit ruisseau traversant des paysages diversifiés, comprenant zones agricoles, forêts, et  prairies humides. Comme d'autres ruisseaux de cette taille, le Croptes fait face à plusieurs menaces d'origine humaine, pollution agricole, modification du lit et des berges et plus largement, changement climatique. 

Secteur Saint-Etienne

Le Gier et le Furan sont des affluents de la Loire, qui traversent des zones urbaines et industrielles, mais également des zones plus naturelles. Partie intégrante du réseau des Sites Rivières Sauvages, qui vise à protéger et à restaurer les cours d'eau remarquables pour leur valeur écologique, paysagère et patrimoniale, le Gier et le Furan sont sujets à des initiatives de préservation, de restauration et de gestion durable des cours d'eau, visant à préserver leur qualité écologique, à restaurer les habitats naturels, à maintenir la connectivité écologique et à sensibiliser le public à l'importance de la protection des rivières.

Secteur Lac du Bourget

Le lac du Bourget, situé en Savoie, France, est alimenté par plusieurs affluents qui jouent un rôle crucial dans son équilibre hydrologique et écologique. Dans le projet DiagnoPICT, 3 affluents ont été choisis comme représentatifs des pressions croissantes liées aux activités humaines, soulignant de ce fait l'importance de politiques de conservation et de gestion durable pour préserver la santé et la biodiversité de ce précieux écosystème lacustre.

• Le Sierroz : petit affluent, prenant sa source dans le massif des Bauges. Il contribue à l'alimentation du lac du Bourget en apportant des eaux claires et fraîches. Son débit régulier aide à maintenir la stabilité hydrologique du lac. Sur le plan écologique, le Sierroz abrite une biodiversité importante, avec la présence de nombreuses espèces de poissons et d'invertébrés aquatiques. Cependant, sa proximité avec des zones urbanisées expose ses eaux à des risques de pollution.
• Le Tillet : draine les eaux de plusieurs vallées alpines. Son débit varie considérablement en fonction des saisons, influençant ainsi le niveau et la dynamique du lac. Sur le plan écologique, le Tillet offre des habitats diversifiés le long de son cours. Cependant, les activités humaines telles que l'agriculture et l'urbanisation entraînent une dégradation de la qualité de l'eau et menace la biodiversité locale. Souterrain sur une partie de son parcours à travers Aix les Bains, il est le réceptacle de plusieurs fuites du réseau d'assainissement qui en dégradent la qualité.
• La Leysse : affluent, prenant sa source dans le massif des Bauges et traversant Chambéry du sud vers le nord. Son cours est naturel et à caractère torrentiel sur sa partie montagneuse, puis entièrement artificiel et en grande partie endigué jusqu'à son débouché dans le lac du Bourget. La Leysse fait l'objet depuis plusieurs années de travaux de restauration écologique et de sécurisation face aux crues.

Secteur Lyon

Le Ratier est un petit cours d'eau qui traverse plusieurs communes proches de Lyon, se jette dans l'Azergues un affluant de la Saône. Son bassin versant est caractérisé par des collines et des zones agricoles, ce qui influence son débit et sa qualité de l'eau. Il est alimenté par le Ribes qui retraverse des paysages agricoles et semi-urbain, et par le Verdy, qui constitue le site de référence.

Secteur Lac Léman

Le Lac Léman est le plus grand lac d'Europe occidentale, partagé entre la Suisse et la France, il s'étend sur une surface de 580 km². Principalement par le Rhône, son niveaux d'eau est régulé par les déversoirs du barrage du Seujet à Genève. Le lac joue un rôle important dans la régulation du climat local et est une ressource vitale pour l'approvisionnement en eau potable, l'irrigation, et la production d'électricité. Soumis à de forts enjeux, il fait l'objet d'une surveillance étroite par la CIPEL, la Commission Internationale pour la Protection des Eaux du Léman. Dans le cadre du programme Léman 2030, une campagne d’échantillonnage de sédiments de surface est programmée en 2025. Elle concernera environ 80 stations de prélèvements, réparties sur l’ensemble du Léman, pour lesquelles les niveaux de contamination par différentes familles de substances chimiques (PCB,HAP, éléments traces métalliques, etc.) ont été caractérisés lors d’une première campagne réalisée en 2015 (Loizeau et al., 2017[1]). Parmi ces 80 stations, 20 seront cintégrées dans le projet DiagnoPICT : elles seront choisies à partir des connaissances existantes afin de représenter l’ensemble du gradient de contamination chimique présent à l’échelle du lac (depuis des stations peu contaminées, dites « de référence » jusqu’à des stations très contaminées comme celle située dans la Baie de Vidy, au niveau de la ville de Lausanne).

[1] Loizeau, J. L., Makri, S., Arpagaus, P., Ferrari, B., Casado-Martinez, C., Benejam, T., et al. (2017). Micropolluants métalliques et organiques dans les sediments superficiel du Léman. Metallic and organic micropollutants in the surface sediments of Lake Geneva. Rapp. Comm. Int. Prot. Eaux Léman contre Pollut. Campagne 2016, 153–207. pdf,